食品无尘车间宜对供热、供冷、纯水、通风空调和气体供应等系统进行自动监控。净化空调系统新风口、排风口应有自动关闭措施。无尘车间工程中各级空气洁净度的空气净化处理，均采用三级过滤。
食品无尘车间的空调系统应有风机启停顺序和温湿度的自动控制系统。净化空气调节系统除直流式系统和设置值班风机的系统外，应采取室外污染空气通过新风口渗入净化车间的防灌倒措施。净化车间应该拥有良好的通风条件，如果是采用自然通风，通风的面积与净化车间地面面积之比应不小于1:16。若采用机械通风，则换气量 应不小于3次/小时，采用机械通风，净化车间的气流方向应该是从清洁区向非清洁区流动。靠自采光的净化车间，净化车间的窗户面积与净化车间面积之比应不小于1: 4。在满足生产工艺要求的前提下，宜对风机、水泵等动力设备采取变频调速等节能控制措施。食品工厂内的洁净生产区入口应有门禁自动控制措施。