潍坊工商代理在一季度的企业所得税申报中，所有分公司都能按小微企业减免优惠企业所得税，在二享度申报中，所以分公司都不能勾选小微企业优惠，潍坊工商代理如果说分公司没有法人资格，不能享受小微企业，需要到总公司汇总按比例缴纳，那么分公司的企业所得税预缴的比例是多少？而且一般分公司所在地的税务部门是不允许的，要百分百在当地缴纳，这种矛盾如何解决，国家大力提倡减税降费，可是到纳税人身上就很难落实了。
根据《国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第十三条 总机构按以下公式计算分摊税款：
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
第十四条 分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
第十五条 总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例;三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构;三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第(四)项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。
另一纳税人也遇到此问题：
1季度分公司还属于小型微利企业，从2季度开始，网上申报所得税时，表上直接显示不属于小型微利企业，但明明我们总公司都属于小型微利企业，而且总公司和分公司三项数据加在一起都是符合小型微利企业的。咨询税务局当局，说由于分公司第一季度自行申报了所得税，1年内不能和总公司合并报所得税，要按25%单独申报所得税，国家大力提倡减税，减轻中小企业负担，但这种强制不让合并报所得税绝对是个漏洞
总局答疑554问中提及：
1、视同独立纳税人缴税的二级分支机构是否可以享受小型微利企业所得税减免政策？
答：现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算并缴纳企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。由于分支机构不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款，并享受相关优惠政策。
2、小型微利企业从业人数、资产总额标准是否包括分支机构部分？企业所得税汇总纳税的企业，小型微利企业标准中的从业人数、资产总额是否包括分支机构的部分？
答：现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算从业人数、资产总额等指标，即汇总纳税企业的从业人数、资产总额包括分支机构。
3、上季度已由分支机构就地预缴分摊的企业所得税如何处理？上一季度不符合小微条件已由分支机构就地预缴分摊的税款，本季度按现有规定符合条件，其二级分支机构本季度不就地分摊预缴企业所得税。问：上季度已就地分摊预缴的企业所得税如何处理？
答：根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号发布）第五条规定，上年度认定为小型微利企业的跨地区经营企业，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。这里是指本年度小型微利企业预缴时，如果上年度也是小型微利企业的，本年度小型微利企业的二级分支机构可以不就地预缴。因此，小型微利企业二级分支机构是否就地预缴，依据的条件是上年度是否也是小型微利企业。如果是，其二级分支机构不就地预缴；如果不是，其二级分支机构需要就地预缴。
如果上季度不符合小型微利企业条件，本季度符合条件，其多预缴的税款，根据《国家税务总局关于实施小型微利企业普惠性所得税减免政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2019年第2号）规定，可在以后季度应预缴的企业所得税税款中抵减。
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